考慮到司法實踐中大量的建設(shè)工程施工合同糾紛案件雙方當(dāng)事人爭議最大的是工程價款的結(jié)算問題，而其中多數(shù)集中于結(jié)算依據(jù)的認(rèn)定問題上，而建設(shè)部制定的建設(shè)工程施工合同格式文本中對工程竣工結(jié)算的條款約定了相應(yīng)的期限和程序等條件，因此，結(jié)合合同文本約定應(yīng)認(rèn)定當(dāng)這些條件具備時即可產(chǎn)生相應(yīng)的法律后果。按上述格式文本合同的要求，竣工結(jié)算的流程為：

　�。�1）工程竣工驗收報告經(jīng)發(fā)包人認(rèn)可后28天內(nèi)，承包人向發(fā)包人遞交竣工結(jié)算報告及完整的結(jié)算資料，雙方按照協(xié)議書約定的合同價款及專用條款約定的合同價款調(diào)整內(nèi)容，進行工程竣工結(jié)算。

　　（2）發(fā)包人收到承包人遞交的竣工結(jié)算報告及結(jié)算資料后28天內(nèi)進行核實，給予確認(rèn)或者提出修改意見。發(fā)包人確認(rèn)竣工結(jié)算報告通知經(jīng)辦銀行向承包人支付工程竣工結(jié)算價款。承包人收到竣工結(jié)算價款后14天內(nèi)將竣工工程交付發(fā)包人。

　�。�3）發(fā)包人收到竣工結(jié)算報告及結(jié)算資料后28天內(nèi)無正當(dāng)理由不支付工程竣工結(jié)算價款，從第29天起按承包人同期向銀行按照貸款利率支付拖欠工程價款的利息，并承擔(dān)違約責(zé)任。

　　（4）發(fā)包人收到竣工結(jié)算報告及結(jié)算資料后28天內(nèi)不支付工程竣工結(jié)算價款，承包人可以催告發(fā)包人支付結(jié)算價款。。。由此，最高人民法院的相關(guān)司法解釋進一步確認(rèn)了承包人在發(fā)包人收悉竣工結(jié)算文件后在約定時間內(nèi)不予答復(fù)的，視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件，按雙方約定處理，即承包人可直接依據(jù)該竣工結(jié)算文件主張工程價款。

　　應(yīng)注意的是，由于司法解釋在這種特定情況下推定了發(fā)包人應(yīng)承擔(dān)的義務(wù)，故此對承包人提交竣工結(jié)算文件的程序要求應(yīng)嚴(yán)格把握。也即：承包人必須書面遞交竣工結(jié)算文件，且不能適用留置方式;發(fā)包人方的接收人員除法人的法定代表人其他組織的主要負(fù)責(zé)人外，必須限定在其內(nèi)部具有收發(fā)職權(quán)的部門或負(fù)責(zé)人，由其簽收或蓋章。此手續(xù)將在訴訟中作為承包方舉證證明發(fā)包人已經(jīng)有效接受該文件的基本證據(jù)。同時，對發(fā)包人來說，若不能在約定的期限內(nèi)對承包人提交的竣工結(jié)算報告全面審核認(rèn)可，也必須在該期限內(nèi)就其對報告內(nèi)容的異議部門書面通知承包人，以回避不必要的風(fēng)險。

　　2、雙方就同一建設(shè)工程另行簽訂的施工合同與經(jīng)過備案的中標(biāo)合同實質(zhì)性內(nèi)容不一致的，根據(jù)中標(biāo)合同確定工程價款

　　在大型基礎(chǔ)設(shè)施、公用事業(yè)等依法必須進行招標(biāo)建設(shè)的工程項目中，發(fā)包方和承包方在訂立合同方面的自由權(quán)利受到《招標(biāo)投標(biāo)》的明確限定。雙方當(dāng)事人無論是出于發(fā)包方強迫、承包方要挾或串通一致，凡對同一建設(shè)工程的工程質(zhì)量，工程期限以及包括墊資款在內(nèi)的工程價款等核心問題在中標(biāo)合同之外另行簽訂一份實際遵照執(zhí)行的施工合同的，均應(yīng)予以糾正，并根據(jù)最高人民法院的司法解釋按照中標(biāo)合同的約定核算工程價款。

　　應(yīng)注意，凡對施工合同中的工程質(zhì)量工程期限和工程價款這三項實質(zhì)性內(nèi)容作出變更的，只要確實屬于雙方協(xié)商一致，不侵犯國家社會公共利益或他人利益的，均應(yīng)予以承認(rèn);同樣，出于設(shè)計變更，不可抗力等客觀原因，雙方經(jīng)協(xié)商一致對工程質(zhì)量工程期限和工程價款的在先約定作出適當(dāng)合理變更的，也不應(yīng)認(rèn)定為背離中標(biāo)合同實質(zhì)性內(nèi)容。